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序列(5'to3')
5'- -3'
序列要求:序列大小寫均可以,兼并堿基請用代碼:
R(A,g),Y(C,T),M(A,C),K(g,T),S(g,C),w(A,T),H(A,T,C),B(g,T,C),V(g,A,C),D(g,A,T),N(A,T,g,C);
為配合我們自動登入時的準確性,序列中請不要使用空格或其它非序列信息符號。
3'端修飾    
5'端修飾    
中間修飾
您可以選擇多個中間修飾 添加
oligo濃度 (μM)    
Na+濃度 (mM)    
               

在線Oligo分析器說明:

① 準確性

寡核苷酸鏈的性質(如Tm值、消光系數等)是根據相關算法擬合公式推算獲得的,僅供參考,并不代表實際實驗數據。不同的工具采用的公式和參數可能不同,因此得到的結果會略有差異。如果序列中存在兼并堿基,則按照兼并堿基所代表堿基數據的平均值進行計算。


② COMPLEMENT

顯示輸入序列的反向互補序列,方向為5-3。反向互補序列自動忽視末端修飾基團,但如果修飾基團為基本堿基類似物,則按照基本堿基進行計算。脫氧次黃嘌呤(dI)的互補堿基為胞嘧啶(C)。


③ LENGTH

寡核苷酸鏈中單核苷酸殘基的數量,如果修飾基團屬于單核苷酸殘基類似物,則也算做在內。


④ GC CONTENT

寡核苷酸鏈中鳥嘌呤和胞嘧啶核苷酸的摩爾百分比。


⑤ TM

熔解溫度(Melting Temperature, Tm)是指兩段互補的堿基序列解鏈50%時的溫度。生工生物引物分析器中,Tm計算是按照最近鄰二態模型進行的,所采取的計算公式(1)為:

                                             

其中,ΔH和ΔS分別指根據熱力學熔解參數計算出來的這段寡核苷酸的焓和熵,生工引物分析器采取的熱力學參數來自于Allawi和SantaLucia在1997年發表于《Biochemistry》上的文章(DOI: 10.1021/bi962590c);R是理想氣體常數(1.987 cal/K·mole);[Oligo]是指寡核苷酸的有效摩爾濃度,我們假定寡核苷酸鏈是非自身互補配對的,有效摩爾濃度取寡核苷酸總濃度的1/4,這里默認的寡核苷酸總濃度為500 nM。

鹽離子校正:單價鹽離子會對引物的Tm值產生一定的影響,公式(1)中鹽濃度的條件為1M Na離子,因此得到的Tm(K)為1M鈉離子濃度下的熱力學溫度(單位:K)。但大多數實際情況下并沒有這么高的濃度,因此需要對該濃度進行校正,生工引物分析器采用的鹽離子校正公式來自于Owczarzy在2004年發表于《Biochemistry》上的文章(DOI: 10.1021/bi034621r)。公式(2)為:

其中Tm*為離子校正后的Tm值,fGC為寡核苷酸鏈的GC含量,[Na+]為實際情況下的離子濃度,生工引物分析器中的Na離子濃度默認值為50 mM。得到Tm*之后將單位其轉換為攝氏度即為最終預測的Tm值。


⑥ MOLECULAR WEIGHT

分子量指1摩爾寡核苷酸鏈的質量,計算方式為組成寡核苷酸鏈中所有原子質量的累加。


⑦ EXTINCTION COEFFICIENT

摩爾消光系數(ε260)是指1摩爾寡核苷酸鏈水溶液在260 nm處的吸光值。該數值決定了寡核苷酸鏈質量與合成OD數的關系。組成堿基種類隨機的情況下,可以近似認為DNA雙鏈1 OD的量為50 μg,單鏈寡核苷酸1 OD的量為33 μg。但對于客戶定制的寡核苷酸鏈,需要根據序列進行計算。生工引物分析器采用最近鄰二態模型進行消光系數的計算,參考數據為Michael于2003年發表于《Nucleic Acids Research》的文章(DOI: 10.1093/nar/gnh015)。


⑧ nmole/OD260和μg/OD260

根據摩爾消光系數,可計算出每OD所含的寡核苷酸鏈的分子量以及質量,計算公式為:nmole/OD260=106/ε260以及μg/OD260 = nmole/OD260 × molecular weight × 10-3


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